13-րդ դարավերջին Կիլիկիայի հայոց թագավոր Հեթում Բ-ի (1289–1307) և կաթողիկոս Գրիգոր Է Անավարզեցու (1293–1307) գահակալության ժամանակ աշխուժացան Հայոց և Լատին (Կաթոլիկ) Եկեղեցիների միության բանակցությունները: Ի տարբերություն Կիլիկիայի հայկական թագավորության, որտեղ Եկեղեցիների միության խնդիրն ուներ քաղաքական ծանրակշիռ դրդապատճառ, բուն Հայաստանում նույնիսկ ծիսական որեևէ փոփոխության պահանջ հանդիպում էր լուրջ հակազդման:
Այդ ժամանակից Հայաստանում ծնունդ առավ կաթողիկոսական աթոռը Հայաստան վերադարձնելու գաղափարը: Հետագա իրադարձությունները, մասնավորապես Սսի 1307 թ. և Ադանայի 1316 թ. եկեղեցական ժողովները, որոնք ընդունեցին Հռոմի պապական աթոռի դավանաբանական և ծիսական բնույթի պահանջները, ավելի խորացրին կողմերի հակասությունները:
Կիլիկիայի հայկական պետության անկումից (1375 թ.) հետո լայն թափ ստացավ իշխանական դասի և նրա հետ նաև զինուժի արտագաղթը: Այդպիսով կաթողիկոսական աթոռը զրկվեց քաղաքական հենարանից՝ հայտնվելով մուսուլման տիրապետողների ազդեցության տակ: Դա խիստ բացասաբար անդրադարձավ հոգևոր իշխանության վրա. 1392 թ. Սսի կառավարիչ Մելիք Օմարի հրամանով սպանվեցին Թեոդորոս Բ կաթողիկոսը (1382–1392) և 16 հայ տանուտեր:
Կաթողիկոսական աթոռի՝ Սսից Վաղարշապատ վերահաստատումը նախաձեռնած հայաստանյան հոգևորականները, որոնց թվում մեծ էր հատկապես Թովմա Մեծոփեցու և Հովհաննես Հերմոնեցու դերը, 1441 թ. Վաղարշապատում հրավիրեցին եկեղեցական ժողով, որը որոշեց կաթողիկոսությունը վերահաստատել Սուրբ Էջմիածնում և նոր կաթողիկոս ընտրել Խոր վիրապի վանահայր Կիրակոս Վիրապեցուն: Նրա աթոռակալումը, սակայն, տևեց շատ կարճ՝ ընդամենը երկու տարի: Բանն այն է, որ Կիրակոս Վիրապեցու ընտրության հետ չէին համերաշխում կաթողիկոսական աթոռի վերահաստատումը նախաձեռնողներից Սյունյաց թեմի հոգևորականները՝ ի դեմս Հովհաննես Հերմոնեցու, քանզի այդպիսով ի չիք էր դարձել իրենց թեկնածուի՝ հայրապետական գահն առաջնորդելու հնարավորությունը: Ընդդիմադիր եկեղեցականների ճնշմամբ Կիրակոս Վիրապեցին հրաժարվում է հայրապետական իշխանությունից: Այս ամենը բացասական արձագանքի է արժանանում Սսում, որտեղ, անօրինական համարելով Կիրակոս Վիրապեցու հարկադիր հրաժարումը, 1446 թ. կաթողիկոս են ընտրում Կարապետ Եվդոկացուն: Այսպիսով սկիզբ է դրվում Կիլիկիո կաթողիկոսությանը:
1863 թ. ընդունված Կ. Պոլսի Ազգային Սահմանադրությամբ Օսմանյան կայսրության տարածքում գտնվող Հայոց Եկեղեցու նվիրապետական աթոռները, այդ թվում՝ Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունը, անցնում էին հայոց Ազգային ընդհանուր ժողովի իշխանության ներքո:
1902 թ. Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոս ընտրվեց Սահակ Բ Խապայանը, որի գահակալումը (1902–1939) լի էր բազմատեսակ փորձություններով ու դժվարություններով:
Հայոց եկեղեցական աթոռների վիճակն Օսմանյան կայսրությունում կտրուկ փոխվեց Առաջին աշխարհամարտի ժամանակ: Երիտթուրքական իշխանությունների որոշմամբ արգելվեց Կիլիկիո կաթողիկոսության, Երուսաղեմի և Կ. Պոլսի պատրիարքությունների կապն Ամենայն հայոց կաթողիկոսության հետ: Նույն որոշմամբ՝ նրանք միավորվեցին մեկ աթոռի ներքո, որի առաջնորդին կոչում էին կաթողիկոս-պատրիարք: Իշխանությունների պահանջով Սահակ Բ Խապայանն ստանձնեց այդ պաշտոնը: Նրա տիտղոսն էր՝ «Սրբազնագոյն կաթողիկոս Հայոց Թուրքիոյ», որից դժվար չէ կռահել երիտթուրքերի իրական նպատակը. մոռացության մատնել հայոց ազգային-կրոնական հաստատությունները՝ Երուսաղեմի և Կ. Պոլսի պատրիարքությունները և Կիլիկիո կաթողիկոսությունը: Աթոռանիստը Սսից տեղափոխվեց Երուսաղեմ: Սահակ Խապայանն այդ միացյալ աթոռն առաջնորդեց մինչև 1917 թ. նոյեմբերը: Նույն ժամանակ թուրքական իշխանությունների պահանջով Երուսաղեմի հայ, հույն, լատին պատրիարքները տեղափոխվեցին Դամասկոս: Երբ անգլիական զորքերը գրավեցին Կիլիկիան, Սիրիան եւ Լիբանանը, Սահակ Խապայանը Դամասկոսից վերադարձավ Կիլիկիա, որը, սակայն, 1921 թ. կրկին անցավ թուրքական իշխանություններին: Նույն թվականին Կիլիկիո կաթողիկոսը տեղափոխվեց Հալեպ: 1921–1930 թթ. Կիլիկիո աթոռը վարեց աստանդական կյանք՝ հանգրվանելով Հալեպում, Դամասկոսում, Բեյրութում և Կիպրոսում: Ցեղասպանության տարիներին Կիլիկիո տարագրյալ հայերի մեծ մասը հանգրվանեց Սիրիայում և Լիբանանում, և Սահակ Խապայանի գլխավոր առաքելությունը դարձավ նրանց համախմբելը: Դրա համար անհրաժեշտ էր, որ Սիրիայի և Լիբանանի մանդատն ստանձնած Ֆրանսիայի կառավարությունը ճանաչեր Կիլիկիո կաթողիկոսի իշխանությունն այդ երկրների հայության վրա: Սահակ Խապայանի գործադրած ջանքերի շնորհիվ 1924 թ. Սիրիա-Լիբանանի ֆրանսիական Բարձր կոմիսարության միջնորդությամբ Ֆրանսիայի կառավարությունը Սահակ Բ Խապայանին ճանաչում է այդ երկրներում ապրող հայերի հոգևոր առաջնորդ: Սակայն խնդիրն այն է, որ Դամասկոսի, Բեյրութի և Անտիոքի թեմերը պատկանում էին Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությանը: Այդ վիճակները Կիլիկիո կաթողիկոսությանը փոխանցելու խնդրանքով Սահակ Բ Խապայանը դիմում է Երուսաղեմի պատրիարք Եղիշե արքեպիսկոպոս Դուրյանին և Ամենայն հայոց կաթողիկոս Գևորգ Ե Սուրենյանցին: Վերջինիս հանձնարարությամբ Երուսաղեմի պատրիարքը Կիլիկիո կաթողիկոսությանն է փոխանցում Բեյրութի, Դամասկոսի և Լաթաքիայի եկեղեցիները: Կաթողիկոսության հոգևոր կենտրոնը հանգրվանում է Բեյրութից ոչ հեռու գտնվող Անթիլիաս գյուղաքաղաքում, որտեղ գտնվում է մինչ օրս:
Կիլիկիո կաթողիկոսին ընտրում է այդ նպատակով կազմված պատգամավորական ժողովը, որի մեկ երրորդը եկեղեցականներ են, երկու երրորդը՝ աշխարհականներ: Պատգամավորական ժողովում ընդգրկվելու համար Մայր Աթոռ Ս. Էջմիածնից հրավիրվում են երկու ներկայացուցիչ՝ մեկ աշխարհական և մեկ եկեղեցական: Կաթողիկոսության միաբանական ընդհանուր ժողովը պատգամավորական ժողովին ներկայացնում է գաղտնի քվեարկությամբ ընտրված հինգ թեկնածուների ցանկը: Պատգամավորական ժողովն այդ ցանկից նույնպես գաղտնի քվերակությամբ ընտրում է երեքին, որոնցից էլ ձայների երկու երրորդի մեծամասնութամբ ընտրվում է կաթողիկոսը: Եթե առաջին քվեարկությամբ երկու երրորդը չի ապահովվում, ապա երկրորդ քվեարկությամբ բավարար է ձայների պարզ մեծամասնությունը: 1994 թվականից Մեծի Տանն Կիլիկիո Կաթողիկոսն է Ն.Ս.Օ.Տ.Տ. Արամ Ա Քեշիշյանը: