Կոստանդնուպոլսի նվաճումից և այն օսմանյան տերության մայրաքաղաք դարձնելուց հետո սկսվեց ոչ մուսուլման համայնքների՝ միլլեթների ձևավորումը: Վերջիններս ստեղծվում էին կրոնական և դավանական պատկանելության սկզբունքով: Այդպես հիմնվեցին հայկական, հունական և հրեական միլլեթները, որոնք գլխավորում էին տվյալ համայնքների հոգևոր առաջնորդները:
Ընդունված տեսակետի համաձայն՝ Կոստանդնուպոլսի հայոց պատրիարքությունը հիմնվել է օսմանյան սուլթան Մեհմեդ II-ի հրամանով 1461 թ.: Կոստանդնուպոլսի հայոց հոգևոր առաջնորդը «պատրիարք» տիտղոսով առաջին անգամ հիշատակվում է 16-րդ դարի երկրորդ քառորդում: Պատրիարքի ընտրությունը կատարվել է հոգևոր, առևտրական, արհեստավորական դասերի մասնակցությամբ և հաստատվել սուլթանի հրամանով (ֆերմանով): Պատրիարքի ձեռքին էին կենտրոնանում համայնքի եկամտի աղբյուրները (բարեգործական հաստատություններ, մշակովի դաշտեր, շինություններ և այլն): Ընտրության վավերացման հրամանը սուլթանը տալիս էր այն ժամանակ, երբ թեկնածուն մուծում էր արքունական հարկը (միրի, ղապալա): Պատրիարքը համայնքի գործերը տնօրինում էր իրեն ենթակա պաշտոնյաների միջոցով, նրանցից էին համայնքի վերնախավից ընտրված մյութևելիները (փոխանորդ) և նրանց ենթակա նազրները` յուրաքանչյուր թաղում 4–12 հոգի: Վերջիններս ղեկավարում էին իրենց թաղի եկեղեցիների գործերը:
Պատրիարքն ուներ նաև քաղաքացիական գործառույթներ, որոնք նկատելիորեն մեծացնում էին ինչպես նրա պատասխանատվությունը սուլթանի առջև, այնպես էլ վերջինիս վերահսկողությունը հոգևոր առաջնորդի նկատմամբ: Ի սկզբանե հայոց պատրիարքության իրավասության տակ են եղել Օսմանյան պետության մայրաքաղաքը և Պրուսան: Ժամանակի ընթացքում նրան պատկանող թեմերի քանակն ավելացել է։
1863 թ. հայոց Ազգային Սահմանադրությամբ Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքը ճանաչվում է Օսմանյան Թուրքիայի ամբողջ հայության հոգևոր ներկայացուցիչ: Կայսրության անկումից (1918 թ.) հետո հայոց պատրիարքը քեմալական իշխանությունների պարտադրանքով լքում է Թուրքիան: Մինչև 1927 թ. պատրիարքական աթոռը մնացել է թափուր: Թուրքական իշխանությունները 1927 թ. կրկին թույլատրում են հայոց հոգևոր առաջնորդի ընտրությունը, և Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքությունը մինչ օրս գրեթե առանց ընդհատման շարունակում է իր գործունեությունը:
Թուրքական օրենքների համաձայն՝ պատրիարքի ընտրությունը թույլատրում է Ստամբուլի նահանգապետը՝ ներքին գործերի նախարարության համաձայնությամբ: Պատրիարք է ընտրում եկեղեցականներից ու աշխարհականներից կազմված Ազգային-պատգամավորական ժողովը: Ընտրությունից հետո Ամենայն հայոց կաթողիկոսն օրհնության գիր է ուղարկում նոր պատրիարքին:
Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքությունը 2019 թ. դեկտեմբերից առաջնորդում է Ամեապատիվ Սահակ արքեպիսկոպոս Մաշալյանը: