Եպիսկոպոսական ձեռնադրությունից հետո Սբ․ Գրիգոր Լուսավորիչը ձեռամուխ եղավ Հայաստանում քրիստոնեության տարածմանն ու ամրապնդմանը, ինչը հնարավոր դարձավ ոչ միայն նոր կրոնի քարոզչությամբ, այլև եկեղեցական նվիրապետության ձևավորմամբ, որի առաջին քայլերից էին եպիսկոպոսներ ձեռնադրելն ու եկեղեցական թեմեր ստեղծելը:
Հայոց Եկեղեցու առաջնորդի նստոցը, որն առավել հայտնի է Մայր Աթոռ անվամբ, առաջին անգամ հաստատվել է Մեծ Հայքի թագավորության մայրաքաղաք Վաղարշապատում՝ սրբագործվելով Գրիգոր Լուսավորչի հրաշափառ տեսիլով, որի համաձայն՝ կաթողիկոսանիստ Կաթողիկե եկեղեցին կառուցվել է Տիրոջ Միածին Որդու իջման վայրում, որտեղից էլ՝ Էջմիածին անվանումը:
Առավելապես քաղաքական հանգամանքների բերումով Մայր Աթոռը 5-րդ դարի վերջին քառորդում դուրս է բերվել Վաղարշապատից և հաստատվել Հայոց մարզպանության կենտրոն Դվինում, որտեղ այն գտնվել է ընդհուպ մինչև 10-րդ դարի 20-ական թթ. կեսերը, երբ խույս տալով արաբ նվաճողների հալածանքներից՝ ժամանակի պատմիչ-կաթողիկոս Հովհաննես Ե Դրասխանակերտցին (898–929) Վասպուրականի թագավոր Գագիկ Արծրունու հրավերով հաստատվում է համեմատաբար ապահով վայրում ՝ Աղթամար կղզու Սուրբ Խաչ եկեղեցում: Սակայն այստեղ կաթողիկոսանիստը երկար չի մնում. Անանիա Ա Մոկացի կաթողիկոսը (946–968) այն տեղափոխում է Շիրակ՝ Բագրատունյաց արքայատոհմի տիրույթներ: Թեև 961 թ. Անին մեծ շուքով հռչակվում է մայրաքաղաք, սակայն հայոց հայրապետական աթոռն այնտեղ հաստատվում է մի քանի տասնամյակ անց՝ Սարգիս Ա Սևանցի կաթողիկոսի օրոք (992–1019), երբ Գագիկ Ա Բագրատունու (990–1017/20) կինը՝ Կատրանիդե թագուհին, 1001 թ. ավարտին է հասցնում Անիի մայր տաճարի կառուցումը:
1045 թ. նվաճելով Շիրակի Բագրատունյաց թագավորությունը՝ բյուզանդական իշխանությունները հարձակման թիրախ դարձրեցին մայրաքաղաքում գտնվող հայոց կաթողիկոսական աթոռը, որը թագավորության անկման հետևանքով խիստ տկարացել էր: Հայաստանի նվաճումը վերջնական դարձնելու միտումով` կայսերական իշխանությունն Անին գրավելուց հետո ձեռնամուխ եղավ երկրում առկա ռազմաքաղաքական ներուժի վրա նկատելի ազդեցություն ունեցող հայրապետական աթոռը հայրենիքից հեռացնելուն: Կաթողիկոսությանը սպառնացող վերահաս վտանգն ու իր վերադարձի անհնարինությունը կանխազգալով` հայոց կաթողիկոս Պետրոս Ա Գետադարձը (1019–1054) 400 լիտր մյուռոն օրհնեց և, երկաթե տարաների մեջ լցնելով, թաքցրեց Ախուրյան գետում:
Հայոց կաթողիկոսը կայսեր հրամանով նախ տեղափոխվեց Կարնո գավառի Արծն ավան, որտեղից էլ կարճ ժամանակ անց` Կոստանդնուպոլիս: Գետադարձին հաջորդած Խաչիկ Անեցու մահվանից (1064/5 թ.) հետո բյուզանդական իշխանություններն արգելեցին կաթողիկոսի ընտրությունը: Նրանք համոզված էին, որ այդպես դյուրին կլինի առանց առաջնորդի մնացած Հայոց Եկեղեցին ենթարկել Կոստանդնուպոլսի պատրիարքությանը և նրան պարտադրել Քաղկեդոնի դավանանքը: Սակայն 1065 թ. Կարսի թագավորությունը Բյուզանդիային զիջած և փոխարենը Կեսարիան իր շրջակայքով ստացած՝ Կարսի Գագիկ Բ Աբասյան թագավորի միջնորդությամբ կայսրը թույլատրեց կաթողիկոս ընտրել: Գրեթե մեկ տարի թափուր մնացած հայրապետական գահաթոռը զբաղեցրեց Գրիգոր Մագիստրոս Պահլավունու որդի Գրիգոր Բ-ն (1066–1105), որը սրբոց վարքերի թարգմանության, «Յայսմաւուրքի» խմբագրության և այն հարստացնելու համար կոչվեց Վկայասեր: Այս անգամ հայրապետական աթոռը հաստատվեց Գագիկ Աբասյանի տիրույթներում գտնվող Ծամնդավում: Գրիգոր Վկայասերի աթոռակալմամբ հիմք դրվեց Պահլավունյաց տոհմի կաթողիկոսական ժառանգական իշխանությանը, որը տևեց մինչև 1203 թ.:
Տարբեր հանգամանքների բերումով՝ Գրիգոր Վկայասերը մինչև իր աթոռակալման ավարտը՝ 1105 թ., հաստատվել է մի քանի եկեղեցական կենտրոններում, այդ թվում՝ Շուղրի անապատում, Քեսունի Կարմիր վանքում: Հետագայում՝ 1116 թ., Գրիգոր Գ Պահլավունի կաթողիկոսը (1113–1166) հայրապետական աթոռը հաստատեց Անձիտ գավառի Ծովք դղյակում, որտեղ այն մնաց մինչև 1149 թ.: Գրիգոր Գ-ն քանիցս փորձել է կաթողիկոսությունը վերահաստատել Անիում, սակայն, տարբեր իրադարձությունների բերումով, այդ ձեռնարկը խափանվել է: Ի վերջո, Անի վերադառնալու հերթական փորձի ժամանակ հայրապետը հյուրընկալվում է Թլպաշար ամրոցի տիրուհի Բեաթրիսին, որն էլ, տեղեկանալով եղելության մասին, խոստանում է օգնել հայոց հայրապետին՝ առաջարկելով Եփրատի ափին գտնվող Հռոմկլա անառիկ ամրոցը: Գրիգոր Գ-ն ուրախությամբ ընդունում է իշխանուհու առաջարկը և 15000 դահեկան վճարելով՝ Հռոմկլան դարձնում կաթողիկոսության սեփականությունը: Հայրապետական աթոռը Հռոմկլայում մնաց մինչև 1292 թ., երբ Եգիպտոսի մամլուքները, գրավելով այն, գերեվարեցին ժամանակի կաթողիկոս Ստեփանոս Դ Հռոմկլայեցուն (1290–1292): Դրանից հետո կաթողիկոսական նստոցը տեղափոխվում է Կիլիկիայի հայկական թագավորության մայրաքաղաք Սիս՝ մնալով այնտեղ մինչև 1441 թ.՝ հայրապետական աթոռի փոխադրումը Վաղարշապատ:
Մեծ Հայքից կաթողիկոսական աթոռը դուրս բերվելուց հետո փոփոփության ենթարկվեց նաև հայոց հայրապետի տիտղոսը: «Կաթողիկոս Հայոց Մեծաց» (Մեծ Հայքի կաթողիկոս) տիտղոսի հիմքում աշխարհագրական հատկանիշ է ընկած: Սակայն Գրիգոր Վկայասերից սկսած, երբ հայրապետական աթոռը հաստատվեց Մեծ Հայքի սահմաններից դուրս, անհրաժեշտություն առաջացավ տիտղոսի հիմքում դնել նաև էթնիկ հատկանիշ: Ըստ այդմ՝ 11-րդ դարի երկրորդ կեսից շրջանառության մեջ դրվեց «Կաթողիկոս Ամենայն հայոց» տիտղոսը, որը գործածվում է մինչ օրս: 1441 թ. սկսյալ՝ հայրապետական աթոռը կրկին վերահաստատվում է Սուրբ Էջմիածնում:
Աթոռի վերահաստատմանը հաջորդած առաջին երեք դարերը խիստ ծանր էին ինչպես ամբողջ երկրի, այնպես էլ հայոց կաթողիկոսության համար՝ թուրքմենական տիրապետություն, օսմանաիրանյան պատերազմ, բռնագաղթ: Չնայած դրան` դեռևս պատերազմի ժամանակ կաթողիկոսությունն ստանձնեց հայ ազատագրական շարժման առաջնորդությունը: Այդ նպատակով դեռևս օսմանաիրանյան պատերազմի ժամանակ և դրանից հետո մի քանի անգամ ժողովներ գումարվեցին, պատվիրակություններ առաքվեցին Եվրոպա: Հատկապես նշանավոր է Էջմիածնի 1677 թ. եկեղեցական ժողովը, որը վճռեց Հակոբ Դ Ջուղայեցի (1655-1680) կաթողիկոսի գլխավորությամբ պատվիրակություն առաքել Եվրոպա, սակայն հայրապետի մահվան պատճառով նրա առաքելությունն անավարտ մնաց: Չնայած դրան` պատվիրակության կազմում ընդգրկված Սյունյաց մելիքներից մեկի որդի Իսրայել Օրին անցավ հին աշխարհամաս, որտեղ հետագայում ամենայն եռանդով նվիրվեց հայ ազատագրական շարժման կազմակերպմանը:
1639 թ. Կասրե-Շիրինի հաշտության պայմանագրով ավարտվեց շուրջ մեկ ու կես դար տևած օսմանաիրանյան պատերազմը, որով Հայաստանը բաժանվեց երկու մասի. արեևմտյան հատվածն անցավ Օսմանյան կայսրության, իսկ արևելյանը, որտեղ գտնվում էր Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը, Սեֆյան Իրանի տիրապետության ներքո: Այս բաժանմամբ հայոց կաթողիկոսի իշխանությունը չսահմանափակվեց միայն Արևելյան Հայաստանով, և այն նախկինի պես տարածվում էր ինչպես Արևմտյան Հայաստանի, այնպես էլ Օսմանյան կայսրության էջմիածնապատկան թեմերի վրա: Թերևս դա է պատճառը, որ և՛ պատերազմի ժամանակ, և՛ դրանից հետո Ամենայն հայոց կաթողիկոսի իշխանության հաստատման, Իրանում ու Օսմանյան Թուրքիայում այն իրականացնելու համար պարտադիր դարձավ այդ տերությունների ղեկավարների համաձայնությունը: Այսրկովկասում Ռուսական կայսրության ազդեցության հաստատման սկզբնական շրջանում՝ տակավին 1799 թ., երբ Արևելյան Հայաստանը դեռ չէր անցել այդ տերության իշխանության ներքո, հայոց հայրապետի ընտրության գործում վճռորոշ դարձավ Ռուսաստանի ինքնակալի դիրքորոշումը: Այն արտահայտվեց Ռուսահայոց թեմի առաջնորդ Հովսեփ արքեպիսկոպոս Արղությանի հայրապետական ընտրությամբ, որին, ռուսական իշխանությունների միջամտությամբ, հավանություն էր տվել օսմանյան արքունիքը: Ի նշան կաթողիկոսական իշխանության ճանաչման՝ Ռուսաստանի կայսրն Արղությանին ադամանդակուռ խաչ շնորհեց, որը տրվել է նաև նրան հաջորդած հայրապետներին՝ դառնալով կաթողիկոսական իշխանության խորհրդանիշ: Ադամանդյա խաչն ամրացվում է հայրապետի վեղարին և ինչպես նախկինում, այսօր ևս այն կրելու իրավունք ունի միայն Ամենայն հայոց հայրապետը: Արևելյան Հայաստանի նվաճումից հետո ռուսական արքունիքը որոշեց սահմանափակել հայոց կաթողիկոսության իշխանությունը՝ վերահսկողություն սահմանելով նրա վրա: Այդ նպատակով 1836 թ. հաստատվեց Հայոց Եկեղեցու կանոնադրությունը, որն առավել հայտնի է «Պոլոժենիե» անվամբ: Այն կազմված էր 10 գլխից, որից երկրորդը վերաբերում էր հայոց կաթողիկոսին: Ընտրական ժողովը կազմում էին Սինոդի ութ անդամները, Մայր Աթոռի միաբանության յոթ երիցագույն եկեղեցականները (եպիսկոպոս կամ վարդապետ), թեմակալ առաջնորդները կամ նույն թեմից մեկական եկեղեցական ու աշխարհական: Ժողովը կայսեր հաստատմանը ներկայացնում էր հայրապետի երկու թեկնածուի, որոնցից ընտրվում էր մեկը: Այս կանոնադրությամբ Ռուսական կայսրության տարածքում ստեղծվեց վեց թեմ, որոնց առաջնորդների նշանակման իրավունքը ևս վերապահվեց կայսրին: Կանոնադրությունն ընդհատումներով գործել է մինչև 1917 թ.՝ Ռուսական կայսրության անկումը: Չնայած այս կանոնադրությամբ Հայոց Եկեղեցուն տրվել էր դպրոցներ բացելու և կրթական գործունեություն վարելու իրավունք, սակայն ռուսական իշխանություններն արդեն 19-րդ դարավերջին որոշեցին Եկեղեցուն զրկել այդ իրավազորությունից: Այդ նպատակին էր ծառայում Հայոց Եկեղեցու գույքի բռնագրավման մասին 1903 թ. հունիսի 12-ի օրենքը, որը զանգվածային հուզումներ առաջացրեց Հայաստանում: Դրան կտրականապես դեմ դուրս եկավ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Մկրտիչ Ա Խրիմյանը (1892–1907): Ռուսական իշխանությունները երկյուղելով, որ 1905 թ. կայսրությունում բռնկված հեղափոխական շարժումները կարող են տարածվել նաև Այսրկովկասում, նույն թվականին որոշեցին չեղարկել այդ օրենքը:
Հայոց Եկեղեցին ծանր կորուստներ կրեց հատկապես Մեծ եղեռնի տարիներին: 1914–1918 թթ. բարբարոսաբար կողոպտվեց շուրջ 2150 վանք ու եկեղեցի, սպանվեց ավելի քան 4000 եկեղեցական: Ավերվեցին Արմաշի, Մուշի, Աղթամարի վանքերը և հարյուրավոր այլ եկեղեցական կենտրոններ: Մայր Աթոռը նշանակալի ջանքեր գործադրեց արևմտահայ գաղթականության հոծ խմբերին պատսպարելու և պարենով ապահովելու գործում: Ժամանակի կաթողիկոս Գևորգ Ե Սուրենյանցը (1911–1930) քայլեր ձեռնարկեց նաև Արևմտյան Հայաստանի եկեղեցական կենտրոնների գույքը կորստից փրկելու ուղղությամբ: Այդ նպատակով հայրապետը որոշում է մի արշավախումբ ուղարկել Մուշ, որին հանձնարարված էր հնարավորինս փրկել եկեղեցական գույքը, հատկապես ձեռագրերը, հնագիտական գտածոները և փոխադրել Էջմիածին: Ձեռագրերի փրկության և դրանք Մայր Աթոռ փոխադրելու գործում անգնահատելի դեր կատարեց Լիմ անապատի վանահայր Հովհաննես վարդապետ Հյուսյանը:
Հայոց Եկեղեցին և հատկապես կաթողիկոսությունը մեծապես նպաստեցին Հայաստանի առաջին Հանրապետության ստեղծմանը: Նշանակալի է հոգևորականության մասնակցությունը Մայիսյան հերոսամարտերին: Հրամանատարական շտաբը տեղակայվել էր Գևորգյան հոգևոր ճեմարանում: Վերահաս վտանգը հաշվի առնելով` զորքերի հրամանատար Մովսես Սիլիկյանը ներկայանում է կաթողիկոս Գևորգ Ե Սուրենյանցին` առաջարկելով անվտանգության նպատակով տեղափոխվել Սևանավանք: Սակայն հայրապետը կտրականապես մերժում է հրամանատարի առաջարկը՝ ասելով. «Եթե հայկական ուժերն ի վիճակի չեն պաշտպանելու այս սրբազան վայրը, ապա ես ինքս կանեմ դա, հոգ չէ, թե կզոհվեմ հազարամյա Մայր տաճարի շեմին»:
Հայաստանում խորհրդային կարգերի հաստատմամբ (1920 թ. դեկտեմբերի 2) Հայոց Եկեղեցին հայտնվեց ծանր կացության մեջ: ԽՍՀՄ Սահմանադրությունը խրախուսում էր քաղաքացիների հակաեկեղեցական գործունեությունը: Հոգևորականությունը ենթարկվեց անասելի հալածանքների՝ ընդհուպ մինչև ֆիզիկական բռնության ու ոչնչացման: Վանքերի ու եկեղեցիների մեծ մասը փակվեց՝ վերածվելով այլ նշանակության կառույցների: Իշխանությունները բռնագրավեցին Եկեղեցու շարժական և անշարժ գույքը: Արգելվեց ապրիլի 24-ին նշել Ցեղասպանության զոհերի հիշատակի օրը, այն դուրս բերվեց նաև եկեղեցական օրացույցից: Հալածանքներից զերծ չմնաց անգամ Ամենայն հայոց հայրապետ Խորեն Ա Մուրադբեկյանը (1932–1938), որը 1938 թ. սպանվեց Մայր Աթոռում: Այդ մասին մանրամասն տեղեկություններ են պահպանվել Մայր Աթոռի ծառայողներից Գեղամ Կլեկչյանի հուշերում, որոնք հաստատում են հայրապետի խեղդամահ արվելը: Իշխանություններն արգելեցին կաթողիկոսի մարմինն ամփոփել Մայր Աթոռում: Նրան հուղարկավորեցին Ս. Գայանե եկեղեցում, և տարիներ անց միայն հայրապետի աճյունը փոխադրեցին նույն եկեղեցու կաթողիկոսական դամբարան: Խորհրդային մամուլը լռության մատնեց հայրապետի մահը: Նրա սպանությունից հետո իշխանությունները դիմեցին ծայրահեղ քայլի. 1938 թ. օգոստոսի 4-ին կայացվեց հետևյալ որոշումը. «Քանի որ ունեցած նյութերը մերկացնում են Էջմիածնի կաթողիկոսությունը խորհրդային իշխանության և հայ ժողովրդի դեմ ակտիվ պայքարում, փակել Էջմիածնի վանքը, այն վերածել թանգարանի, նոր կաթողիկոսի ընտրություն չանցկացնել և վերացնել հայ հոգևորականության կենտրոն Էջմիածնի կաթողիկոսությունը»: Որոշ տվյալներով` 1930-ական թթ. Հայաստանում բռնաճնշման է ենթարկվել 161 հոգևորական, որոնցից 91-ի վերաբերյալ կայացվել է գնդակահարության որոշում: Հայրապետի սպանությունից հետո հրապարակվեց նրա՝ 1936 թվակիր նամակ-կտակը, որով Խորեն Մուրադբեկյանը Գևորգ արքեպիսկոպոս Չորեքչյանին նշանակում էր Ամենայն հայոց կաթողիկոսի տեղապահ և Գերագույն հոգևոր խորհրդի նախագահ: Թեև մեծ դժվարությամբ հաջողվեց խորհրդային իշխանություններից ստանալ ընտրություն անցկացնելու իրավունք, սակայն 1941 թ. ապրիլի 10–13-ին տեղի ունեցած Ազգային-եկեղեցական ժողովը, որն իրավասու էր ընտրելու Ամենայն հայոց հայրապետ, չկարողացավ համախմբել բավարար թվով (12) եպիսկոպոսների՝ օծումն իրականացնելու համար: Արտասահմանից ժամանել էր միայն Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսության պատգամավոր Խադ արքեպիսկոպոս Աջապահյանը:
Հայոց Եկեղեցու նկատմամբ խորհրդային իշխանությունների վերաբերմունքը փոքր-ինչ փոխվեց Հայրենական մեծ պատերազմի տարիներին` Եկեղեցու ցուցաբերած զգալի աջակցության ազդեցությամբ: Եկեղեցու և սփյուռքահայերի հանգանակած դրամական միջոցներով կազմվեցին «Սասունցի Դավիթ» և «Գեներալ Բաղրամյան» տանկային շարասյուները: Պետության հետ Հայոց Եկեղեցու փոխհարաբերությունների բարելավման արտահայտություն էր 1945 թ. ապրիլի 19-ին Իոսիֆ Ստալինի և Ամենայն հայոց կաթողիկոսի տեղապահ Գևորգ արքեպիսկոպոս Չորեքչյանի հանդիպումը, որի կարևոր արդյունքներից էր կաթողիկոսի ընտրության և մի շարք եկեղեցիների վերաբացման թույլտվությունը: 1945 թ. հունիսի 19–22-ին տեղի ունեցավ Ազգային-եկեղեցական ժողովը, որը Գևորգ արքեպիսոկոպոս Չորեքչյանին միաձայն ընտրեց Ամենայն հայոց կաթողիկոս: ԽՍՀՄ ղեկավար Իոսիֆ Ստալինի հետ հանդիպմանը Գևորգ արքեպիսկոպոս Չորեքչյանը բարձրացրել էր նաև Թուրքիայի հանրապետությունից հայկական որոշ տարածքների վերադարձի հարցը: Պոտսդամում ընթացող հաշտության բանակցություններում ԽՍՀՄ իշխանությունները ներկայացրեցին հայկական տարածքների վերադարձի խնդիրը, ինչը մեծ ոգևորություն առաջացրեց ինչպես Հայաստանում, այնպես էլ Սփյուռքում: Կաթողիկոսը 1945 թ. հոկտեմբերի 25-ին կոնդակով դիմեց ԽՍՀՄ, ԱՄՆ և Մեծ Բրիտանիայի կառավարություններին` հայկական հողերի վերադարձին նպաստելու խնդրանքով: Չնայած պետական իշխանության հետ հարաբերությունների քիչ թե շատ բարելավմանը, այդուհանդերձ, հիմնական խոչընդոտները հաղթահարված չէին: «Եկեղեցական գործերի խորհուրդը» միջամտում էր Եկեղեցու ներքին գործերին, անհարկի մերժվում էին եկեղեցիների վերաբացման վերաբերյալ իշխանություններին ներկայացված տասնյակ նամակ-դիմումները: Խորհրդային ղեկավարությունը մտահոգ էր արտասահմանյան թեմերի հետ Մայր Աթոռի առնչություններով: 1947 թ. արգելվեց կաթողիկոսի ներկայացուցիչների մասնակցությունը համաշխարհային հայկական համագումարներին, հրահանգվեց չգործադրել եկեղեցիների վերաբացման հանձնարարությունները:
Թեև Ստալինի մահը (1953 թ.) և անհատի պաշտամունքի վերացումը (1956 թ.) փոքր-ինչ մեղմեցին ազգային հաստատությունների նկատմամբ նախկին հալածական քաղաքականությունը, սակայն եկեղեցական կյանքում սահմանված արգելքներն ու վերահսկողությունը հետևողականորեն շարունակվեցին: Այդ պայմաններում անցավ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Վազգեն Ա Պալճյանի աթոռակալման շրջանի (1955–1994) մեծ մասը: Հակառակ սահմանափակումներին` նա էապես բարենորոգեց եկեղեցական կյանքը: 1962 թ. Հայոց Եկեղեցին դարձավ Եկեղեցիների համաշխարհային խորհրդի անդամ: Հատկապես նշանակալի են նրա մի քանի տասնյակ հովվական այցերը Սփյուռքի համայնքներ: Վազգեն Ա-ն ականատես եղավ Հայոց անկախության վերակերտմանը` երրորդ Հանրապետության ծննդին, ամեն գնով աջակցեց Արցախյան շարժմանը և հայրենիքին մատուցած ծառայությունների համար առաջինն արժանացավ «Հայաստանի ազգային հերոս» բարձրագույն կոչմանը (1994 թ.):
Հայոց Եկեղեցու բարգավաճումը շարունակվեց Գարեգին Ա Սարգիսյանի (1995–1999) աթոռակալման շրջանում: Նա վերափոխեց հայաստանյան թեմական կառույցն ըստ նոր վարչական (մարզային) բաժանման: Այդպիսով նկատելիորեն աշխուժացավ թեմական կյանքը, բարելավվեց եկեղեցական կրթությունը. 1995 թ. բացվեց ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակուլտետը:
Եկեղեցու բարենորոգությունը, հատկապես եկեղեցաշինությունը նկատելիորեն թափ առան Գարեգին Բ Ներսիսյանի աթոռակալմամբ (1999-ից): Կառուցվել և վերականգնվել են բազմաթիվ եկեղեցիներ ինչպես Հայաստանում, այնպես էլ Սփյուռքում: Մեծապես աշխուժացել է հոգևոր կրթական կյանքը: Մայր Աթոռի Գևորգյան հոգևոր ճեմարանն ստացավ բարձրագույն ուսումնական հաստատության կարգավիճակ: 2001 թ. մեծ շուքով նշվեց քրիստոնեությունը պետականորեն ընդունելու 1700-ամյակը: Համազգային նշանակություն ունեցավ 2015 թվականին՝ Հայոց մեծ եղեռնի 100-ամյա տարելիցին, Ցեղասպանության զոհերի սրբադասումը:
Ամենայն հայոց կաթողիկոս է ընտրում Ազգային-եկեղեցական ժողովը, որի Կանոնադրության մեջ սահմանված է ընտրության կարգը: Կանոնադրությունն ընդունել է Եկեղեցական-ներկայացուցչական 6-րդ ժողովը 2017 թ., որը վերջնական հաստատվելու է Ազգային-եկեղեցական առաջիկա ժողովում: Ըստ սույն Կանոնադրության՝ Ազգային-եկեղեցական ժողովի պատգամավորներն են՝ Հայ Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու եպիսկոպոսները, Գերագույն հոգևոր խորհրդի անդամները, թեմերի առաջնորդները կամ տեղապահները, չորսական ներկայացուցիչ Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունից, նույնքան նաև՝ Երուսաղեմի և Կ. Պոլսի պատրիարքություններից: Թեմերի ներկայացուցիչներին ընտրում է Թեմական պատգամավորական ժողովը՝ յուրաքանչյուր 25000-ի դիմաց մեկ անդամ: Այս թվից պակաս բնակչություն ունեցող թեմերի համար սահմանված նվազագույն թվաքանակը 10000-ն է: Ընտրությունը եռափուլ է: Առաջինի ժամանակ ընտրվում են առավելագույն ձայներ ստացած երեք թեկնածուները, երկրորդ փուլում՝ երկուսը, որոնցից մեկը երրորդ փուլում ընտրվում է Ամենայն հայոց կաթողիկոս:
Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունն ունի հոգևոր ու վարչական իշխանության մարմիններ: Դրանք են՝
ա. Ազգային-եկեղեցական ժողով, որը գերագույն օրենսդիր մարմինն է` նախագահությամբ Ամենայն հայոց կաթողիկոսի,
բ. Եպիսկոպոսաց ժողով, որը խորհրդակցական մարմինն է` նախագահությամբ Ամենայն հայոց կաթողիկոսի,
գ. Գերագույն հոգևոր խորհուրդ, որը բարձրագույն գործադիր իշխանությունն է` նախագահությամբ Ամենայն հայոց կաթողիկոսի,
դ. Թեմական պատգամավորական ժողով, որը թեմի բարձրագույն գործադիր իշխանությունն է` նախագահությամբ թեմակալ առաջնորդի,
ե. Թեմական խորհուրդ, որը թեմի բարձրագույն գործադիր իշխանությունն է` նախագահությամբ թեմակալ առաջնորդի,
զ. Ծխական ժողով, որը համայնքի կամ ծխի անդամական ընդհանուր ժողովն է` նախագահությամբ հոգևոր հովվի,
է. Ծխական խորհուրդ, որը համայնքի կամ ծխի գործադիր վարչական մարմինն է` նախագահությամբ հոգևոր հովվի: