Հայաստանի Հանրապետության Քրեակատարողական հիմնարկներում հոգևոր ծառայություն սկսվել է իրականացվել դեռևս 1993 թվականից՝ օրհնությամբ և տնօրինությամբ Արարատյան Հայրապետական թեմի առաջնորդական փոխանորդ Տ. Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանի (այժմ` Ն.Ս.Օ.Տ.Տ. Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս): Հոգևոր սպասավորության իրականացումը սկսվել է «Կոշ» Քրեակատարողական հիմնարկից, որտեղ կանոնավոր այցելություններ էր իրականցնում արժանապատիվ Տ. Կարապետ քահանա Գըլըճյանը:
ՔԿ հիմնարկներում հոգևոր ծառայությունն առավել համակարգված և նպատակային դարձնելու նպատակով` 2003 թ. Ն.Ս.Օ.Տ.Տ. Գարեգին Երկրորդ Ծայրագույն Պատրիարք և Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի օրհնությամբ և տնօրինությամբ Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնում բացվեց «Քրեակատարողական հիմնարկների հոգևոր ծառայություն» բաժինը, որի պատասխանատու նշանակվեց բարեշնորհ Հովհաննես սարկավագ Ռուշանյանը (այժմ՝ Տեր Ներսես քահանա Ռուշանյան):
Մայր Աթոռի «ՔԿՀ հոգևոր ծառայություն» բաժինը սերտորեն համագործակցում է Արդարադատության նախարարության և նրա իրավասության ներքո գործող Քրեակատարողական վարչության հետ: Կառույցը համագործակցում է նաև այլ երկրների նմանատիպ կառույցների հետ: Լինում են փոխադարձ հանդիպումներ և քննարկումներ, որի հիմնական նպատակը փորձի փոխանակումն է և ՔՀ-ում ծառայությունն ավելի նպատակային ու արդյունավետ դարձնելը:
2014 թ․ նոյեմբերի 25-ին Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի և Արդարադատության նախարարության միջև կնքվեց պայմանգիր, որում սահմանված է ծառայության գործունեության ոլորտը, կառուցվածքը, խնդիրներն ու նպատակները:
Պայմանագիրը ՔԿ հոգևոր ծառայության առջև հնարավորության նոր հեռանկար բացեց` ի նպաստ ազատազրկվածների ու նրանց ընտանիքների հոգեխնամ առաքելության արդյունավորմանը:
Ներկայումս տասներկու քրեակատարողական հիմնարկներում հոգեխնամ առաքելություն են իրականացնում շուրջ 10 հոգևոր սպասավոր:
2011 թ․ ՔԿ-ի հոգևոր ծառայության պատասխանատուն է հոգեշնորհ Տ. Ռուբեն վարդապետ Զարգարյանը:
Այս տարիներին կառույցի ակտիվ հոգևոր սպասավորության արդյունքում ՀՀ ՔԿ-ներում կառուցվել են եկեղեցիներ, մատուռներ, տեղադրվել խաչքարեր և ստեղծվել հոգևոր անկյուններ:
Եկեղեցի է կառուցվել «Սևան», «Կոշ» և «Արթիկ» ՔԿ հիմնարկներում, մատուռ՝ «Հրազդան», «Վանաձոր», «Արմավիր» (4 մատուռ), «Վարդաշեն» (2 մատուռ) և «Դատապարտյալների հիվանդանոց» ՔԿ հիմնարկներում, խաչքար՝ «Գորիս», «Աբովյան» և «Նուբարաշեն» ՔԿ հիմնարկներում:
Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի Քրեակատարողական հիմնարկների հոգևոր ծառայությունն իր առաքելությունն իրականացնում է երեք հիմնական ուղղություններով՝ ի խնդիր ազատազրկվածների վերափոխման, բանտային ծառայողների հոգևոր կյանքի զորացման և ազատազրկվածների ընտանիքներին հոգևոր, բարոյական և սոցիալական աջակցության:
Հոգևոր ծառայության նպատակն է նպաստել քրեակատարողական հիմնարկներում բարոյահոգեբանական առողջ մթնոլորտի ապահովմանն, աջակցել դատապարտյալների ուղղման աշխատանքներին, բավարարել քրեակատարողական հիմնարկներում պահվող կալանավորված անձանց և դատապարտյալների հոգևոր, կրոնական և ծիսական պահանջմունքները, նպաստել պատժի կրումից հետո անձանց հասարակական կյանքում ներգրավմանը:
Ակտիվորեն աշխատանք է տարվում դատապարտյալների ընտանիքների հետ` նրանց հոգևոր, բարոյական և ֆինանսական աջակցություն ցուցաբերելու նպատակով: ՔՀ հոգևոր սպասավորները պարբերաբար այցելում են դատապարտյալների ընտանիքներ, կատարում տնօրհնեք և զրուցում նրանց հետ:
Սոցիալապես անապահով ընտանիքներին ցուցաբերվում է նաև ֆինանսական աջակցություն: Մայր Աթոռի նյութական աջակցությամբ կրթական հաստատություններում սովորում են դատապարտյալների ընտանիքների երեխաներ:
Կառույցը համագործակցում է նաև այլ երկրների նմանատիպ կառույցների հետ: Լինում են փոխադարձ հանդիպումներ և քննարկումներ, որի հիմնական նպատակը փորձի փոխանակումն է և ՔՀ-ում ծառայությունն ավելի նպատակային ու արդյունավետ դարձնելը: