Սինոդի միահարկ շենքը` տեղակայված Մայր Տաճարի հյուսիս-արևմտյան կողմում, կառուցվել է 1896-1897 թթ. Մկրտիչ Ա Խրիմյան Հայրապետի օրոք, որտեղ գործել են Հայրապետական դիվանը և Սինոդի գրասենյակը:
1920-1921 թթ. Հայաստանի խորհրդային իշխանությունների կողմից շենքը բռնագրավված է եղել: Հետագա տարիներին Մայր Աթոռին վերադարձված Սուրբ Էջմիածնի սեփականության մեջ էր նաև Սինոդի շենքը, որը մինչև 2011 թ. ծառայել է որպես Մայր Աթոռի վարչական մասնաշենք:
2011 թ. որոշվեց վերափոխել շենքը: Այդ նպատակով եղած շենքը 19 մ ընդարձակվեց դեպի հյուսիս և համալրվեց նախորդ մասի շարունակությունը կազմող միջանցքի երկու կողմում տեղաբաշխված 8 գրասենյակով (նախագծի հեղինակ` Ա. Սահակյան): Շենքում են տեղակայված Մայր Աթոռի միջեկեղեցական բաժինները, էկումենիկ (ԵՀԽ Կլոր սեղան հիմնադրամ, ԵԿԼՈՖ հիմնադրամ) և հայեցակարգային գրասենյակաները :