1869 թ. մայիսի 18-ին Մայր Տաճարից դեպի հյուսիս-արևելք՝ մոտավորապես 600 քայլ հեռավորության վրա, դրվեց Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի շենքի առաջին հիմնաքարը: Վեհափառ Հայրապետն ինքն իր ձեռքով առաջին քարը դրեց:
Ճեմարանի ապագա շենքի հիմնադրման արարողությանը ներկա է եղել բազմարդյուն մանկավարժ և գրող Ղազարոս Աղայանը. «Նախընթաց մայիսի 25-ին ներկայ էինք բախտաւոր հանդիսակատարութեանց, որոնց մինն էր Նորին Վեհափառութեան օծման երկրորդ տարեդարձը և կառուցուելիք ուսումնարանի հիմօրհնութիւնը» («Արարատ», Վաղարշապատ, 1869):
1869-1874 թթ. մի կողմից կառուցվում էր շենքը, մյուս կողմից ցարական կառավարության հետ բանակցություններ էին վարվում կրթական հաստատությունը բացելու համար: 1874 թ. սեպտեմբերի 28-ին Ճեմարանը բացվեց ճոխ հանդեսով: Մի քանի օր անց՝ հոկտեմբերի 5-ին, Կովկասի պետական կոմիտեի պաշտոնյա Գուլկովիչն իր մոտ է հրավիրում Վահան վրդ. Բաստամյանցին և հայտնում, որ ստացվել է Ճեմարանի՝ կայսեր կողմից հաստատված կանոնադրությունը և կարելի է այն բացել: Հոգևոր ճեմարանը իր առաքելությունն սկսեց զգալի դժվարություններ հաղթահարելով:
Հայոց ցեղասպանության դառն ու ողբերգական շրջանում Էջմիածնի շրջապատը լցվեց գաղթականների հոծ բազմությամբ: Ամենայն Հայոց Գևորգ Ե կաթողիկոսը և Գևորգյան ճեմարանի վերատեսուչ Գարեգին եպս. Հովսեփյանը, հաշվի առնելով հայ ժողովրդի այդ օրերի ողբերգական վիճակը, ստիպված ժամանակավորապես՝ 1917 թ. դեկտեմբերից փակում են Ճեմարանի դռները՝ հույս ունենալով վերաբացել այն հաջորդ տարի:
Արդեն 1921 թ. սկսվում են Ճեմարանի վերաբացման փորձերը: Այդ ուղղությամբ քայլեր արվեցին Գևորգ Ե Սուրենյանց կաթողիկոսի (1911-1930 թթ.), Խորեն Ա Մուրադբեկյան կաթողիկոսի (1932-1938 թթ.) և Գարեգին արքեպիսկոպոս Հովսեփյանի կողմից: Ի վերջո, այդ երազանքը իրականություն դարձավ շնորհիվ Գևորգ Զ Չորեքչյան կաթողիկոսի (1941-1954 թթ.) համառ ու հետևողական գործունեության:
1928 թ. հունիսի 29-ին Գևորգ Ե Սուրենյանց կաթողիկոսը դիմում է Ժողովրդական Կոմիսարիատի խորհրդի նախագահ Սահակ Տեր-Գաբրիելյանին՝ Ճեմարանը վերաբացելու համար: Ճեմարանի համար շենք է տրամադրվում, բայց կառավարությունն այն ժամանակավորապես հետ է վերցնում՝ պատճառաբանելով, որ շենքն անհրաժեշտ է օգտագործել այլ նպատակներով և այլևս չի վերադարձնում (Հայաստանի Հանրապետության Պատմության կենտրոնական պետական արխիվ):
Հետագայում, երբ Խորեն արք. Մուրադբեկյանը կաթողիկոս օծվեց (1932-38 թթ.), իր առաջին քայլերից մեկը եղավ Ճեմարանի վերաբացումը: Նա իր 1933 թ. փետրվարի 20-ի անդրանիկ կոնդակում անդրադառնում է Ճեմարանի վերաբացման խնդրին. «...նորոյ ժամանակի ի սահմանս իմաստուն խոհականութեան և զգուշաւորութեան, բարւոքել զնիւթական ծանր վիճակ Աթոռոյս ի պահպանաթիւն և ի հարատևութիւն միաբանական ուխտին և ի դաստիարակաթիւն մանկանց եկեղեցւոյ ի սպասաւորութիւն և ի կենդանի քարոզութիւն բանին կենաց ի բարձրագոյն հոգևոր դպրոցի, ոբ այժմ փակեալ կայ ի հետևանս մեծի պատերազմին և ի նիւթական սուղութեան»:
Դեռ նախքան կաթողիկոսական ընտրությունը (1945 թ.) Գևորգ Զ Չորեքչյան կաթողիկոսը բազմիցս իր պաշտոնական գրություններում շեշտել էր Ճեմարանի բացման անհրաժեշտությունը և Ազգային Եկեղեցական ժողովին ներկայացրել իր ծրագրերը. «Ս. էջմիածինը, որպես համայն հայության հոգևոր կենտրոն, պիտի ունենա բավարար թվով կուսակրոն հոգևորականություն և քահանայություն: Հոգևոր դաս պատրաստող հաստատությունը Մայր Աթոռի Հոգևոր ճեմարանն է, որ դադարել է գոյություն ունենալ 1917 թվականից, որի հետևանքով մեծ կարիք է զգացվում, թե՛ կուսակրոն հոգևորականության և թե՛ քահանայության: Այսօր, ի մխիթարություն բոլորիս, կարող եմ հայտարարել, որ դժվարագույն խնդիրներից մեկը լուծվել է և լուծվել է հիմնական կերպով և օրինական եղանակով: Ս. էջմիածնին իրավունք է տրված Հոգևոր Ճեմարան ունենալ: Շնորհիվ Սովետական իշխանության հոգածու և բարյացակամ վերաբերմունքի՝ տրամադրված է մեզ նախկին մատենադարանը, որպես Ճեմարանի շենք»:...
Մատենադարանի շենքը կառուցվել է 1911 թ. և նախատեսվել եկեղեցապատկան հնագույն ձեռագրեր ամբարելու համար: Շենքը պետք է ծառայեր որպես շտեմարան և գիտահետազոտական կենտրոն: Խորհրդային տարիներին կառավարության որոշմամաբ եկեղեցու ձեռագրերը հանձնվել են Երևանի պետական Մատենադարանին: «Մատենադարան»-ը, որն այժմ հայտնի է որպես Ճեմարանի հին շենք, 1945-1997 թթ. ծառայել է որպես Գևորգյան ճեմարան:
1991 թ. Հայաստանի անկախության հռչակումից և ինքնուրույն պետականություն ձեռք բերումից հետո Եկեղեցուն վերադարձվեց խորհրդային պետության կողմից առգրավված նախկին Գևորգյան ճեմարանի շենքը:
1996 թ. Լուսահոգի Գարեգին Ա Վեհափառի նախաձեռնությամբ արագացված աշխատանքներ են կատարվում Գևորգյան ճեմարանի շենքը վերանորոգելու համար: 1997 թ. սեպտեմբերի 18-ին ուրախություն էր Մայր Աթոռում: Հիմնական նորոգումից հետո Գևորգյան հոգևոր ճեմարանի պատմական շենքը հանձնվեց շահագործման:
2002 թվականից պրն. և տիկին Գևորգ և Սիրվարդ Հովնանյանների հովանավորությամբ սկսեցին հիմնական վերանորոգչական աշխատանքները: Ճեմարանի լսարաններից յուրաքանչյուրը վերանորոգվեց, բարեկարգվեց շենքի կառուցվածքային ամբողջականությունը:
2001 թ. շահագործման հանձնվեց Ճեմարանի ննջարանային մասնաշենքը (հանրակացարան):
2003-2004 ուս. տարվանից շահագործման հանձնվեցին լսարանները:
2006-2007 թթ. մասնակի վերանորոգվել է Ճեմարանի ննջարանային մասնաշենքը :
2011 թ. Գարեգին Երկրորդ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի հանդիսապետությամբ օծվել է ճեմարանի շրջափակում գտնվող Սբ. Հրեշտակապետաց եկեղեցին: Նույն տարում ուսումնական հարկաբաժնին կից բացվել է ճեմարանի հանդիսությունների դահլիճը և մարզասրահը: