ՀՀ Զինված ուժերի հոգևոր առաջնորդությունը հիմնադրվել է 1997 թ. նոյեմբերի 13-ին՝ երջանկահիշատակ Գարեգին Ա կաթողիկոսի և ՀՀ պաշտպանության նախարար լուսահոգի Վազգեն Սարգսյանի համատեղ նախաձեռնությամբ։
1997 թ. Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի և ՀՀ պաշտպանության նախարարության միջև ստորագրվեց փոխհամաձայնության հուշագիր, որում համաձայնեցվում և հստակեցվում էին բանակի հոգևոր ծառայողների գործունեության ոլորտը, կառուցվածքը, խնդիրներն ու նպատակները: Բանակի հոգևոր առաջնորդությունը սկզբնական շրջանում ստեղծվել է Հայոց բանակի սահմանապահ զորքերի, ինչպես նաև Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետության բանակի համար:
Գնդերեցները (բանակի հոգևոր սպասավորներ) հոգևոր դաս-զրույցներ են անցկացնում զինվորականների հետ, կազմակերպում ուսուցողական ֆիլմերի դիտումներ, ուխտագնացություններ, մկրտություններ, պատարագներ և եկեղեցական այլ արարողություններ:
Հայ զինվորները հոգևոր զարթոնք են ապրում ճանաչելով Հայ Եկեղեցու վարդապետությունը և հաղորդ դառնում հոգևոր կյանքին:
Զորամասի գրադարանները համալրվում են հոգևոր գրականությամբ, տպագրվում և բաժանվում են զինվորի համար նախատեսված Աստվածաշնչեր, «Էջմիածին» ամսագիր և Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի «Քրիստոնյա Հայաստան» երկշաբաթաթերթ, հոգևոր բնույթի տարբեր գրքույկներ, աղոթագրքեր:
Հոգևոր առաջնորդության առաջին պատասխանատուն է եղել Տ. Վրթանես վարդապետ (եպիսկոպոս) Աբրահամյանը։
1999 թ. դեկտեմբերին՝ Տ. Արշեն աբեղա Սանոսյանը։
2006 թ. Տ. Նորայր աբեղա Սիմոնյանը։
2007 թ.-ից Տ. Վրթանես եպիսկոպոս Աբրահամյանը նշանակվել է վերստին։
2021 թ. փետրվարի 12-ից պաշտոնավարում է Տ. Մովսես վարդապետ Սարգսյանը։
ԶՈւ հոգևոր առաջնորդությունում ծառայող գնդերեցները առանձին զորախմբով մասնակցել են ՀՀ անկախության հռչակաման 20 և 25 ամյակների, նաև Սարդարապատի հերոսամարտի 100-ամյակին նվիրված զորահանդեսներին։
2012 թ. հունվարի 29-ին հայոց բանակի կազմավորման 20-ամյակի առիթով Ն.Ս.Օ.Տ.Տ Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի սրբատառ կոնդակով Աշոտ Բ Երկաթ Բագրատունի (914-928 թթ.) թագավորի խաչը հայտարարվել է հայոց բանակի պահապան և հովանավոր սրբություն։ Հրաշագործ խաչի կրկնօրինակը, որի կենտրոնում ապակու տակ զետեղված է Քրիստոսի փրկչական խաչափայտից մի մասունք, օծվել և հանձնվել է ՀՀ ԶՈւ հոգևոր առաջնորդությանը:
2017թ.-ին, Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի տնօրինությամբ ՀՀ Զինված ուժերի կորպուսներին և կայազորներին նվիրաբերվել են զորական սրբերի պատկերներով խաչվառներ, որոնք պահվում են զորամասի մարտական դրոշի կողքին։
Հոգևոր առաջնորդությունը գնդերեցների համար կազմակերպվում է եռամսյա սեմինար-քննարկումներ, տարեկան մեկ անգամ համաժողով՝ բարձրաստիճան հոգևորականների և ռազմական հոգեբանության մասնագետների ներգրավվածությամբ։
Ներկայումս ՀՀ ԶՈւ առաջնորդությունում իրենց սպասավորությունն են բերում շուրջ 70 հոգևորականներ ։
