1990-ական թթ. սկզբին Արարատյան Հայրապետական թեմի առաջնորդական փոխանորդ Գերաշնորհ Տ. Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանը, (1999 թ.՝ Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս) ստանալով Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Վազգեն Ա-ի (1955-1994 թթ.) օրհնությունը, Սևանի մենաստանում հիմնեց Սևանի դպրանոցը:
Սևանի Սուրբ Առաքելոց և Սուրբ Կարապետ եկեղեցիները Էրեբունի թանգարանի մասնաճյուղն էին, Խրիմյան Հայրիկի կառուցած ուսումնական մասնաշենքը՝ տուրիստական հանգրվան, իսկ սյունազարդ, կարմրատուֆ շենքը, որ մի ժամանակ ակումբ էր եղել, հետո կիսավեր դարձել, տրվել էր «Սևան» ազգային պարկին։ Մեծ ջանքեր պահանջվեցին դրանք Սևանի վանքին վերադարձնելու և ուսումնական նպատակներին ծառայեցնելու համար:
1990 թ. ամռանն Էջմիածնի ճեմարանը հայտարարություն տարածեց Սևանի հոգևոր դպրանոցում դիմորդների ընդունելության մասին: Ընդունվեց 20 ուսանող:
Դպրանոցի համար Մկրտիչ Խրիմյան Կաթողիկոսի կառուցած գրեթե հարյուրամյա շենքը ծառայում էր որպես ուսումնական շենք, ննջարան ու ճաշարան։ Սակայն այս պայմաններից ու դժվարություններից ո՛չ սաներն էին ընկճվում, ո՛չ դասախոսները:Սաներն իրենց ձեռքերով բարեկարգում էին դպրանոցը և ձևավորում ավանդույթներ:
Վանքի առաջին վանահայր և դպրանոցի տեսուչ նշանակվեց հոգեշնորհ Տ. Խորեն աբեղա Մարտիրոսյանը (1990-1991 թթ.): Նրա ջանքերով հաստատվեց ուսումնական նոր ծրագիրը, դպրանոցը համալրվեց դասախոսներով:
Տ. Խորեն աբեղա Մարտիրոսյանին դպրանոցի տեսուչի պաշտոնում փոխարինեց Սասուն սարկավագ Վարդանյանը (1991-1993 թթ․) , ապա Տ. Առաքել աբեղա Քարամյանը (1993-1994 թթ., այժմ՝ եպիսկոպոս):
Նրանց տեսչության տարիներին դպրանոցն Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի և Գարեգին Սրբազանի հոգածու խնամքի ներքո զարգանում ու բարգավաճում էր։ Դպրանոցում գործում էին ասմունքի, երգի և պարի խմբակներ, հաճախակի էին հանդիպումները մշակույթի և գիտության գործիչիների հետ։ Առաջին տարիներից սկսած՝ ուսանողների ուժերով «Սևան» թերթի էջերում բացվեց «Կանթեղ հավատո» խորագրը կրող բաժինը, որտեղ հոգևոր նյութերով, Սևանի վանքի պատմությանը նվիրված հոդվածներով հանդես էին գալիս թե՛ դպրանոցի սաները, թե՛ հոգևորականները:
Դպրանոցի ուսանողները գործուն մասնակցություն էին ցուցաբերում հասարակական-մշակութային կյանքին` ինչպես Հայաստանի սահմաններից ներս, այնպես էլ արտերկրում՝ Կանադայում, Գերմանիայում, Ռուսաստանում։
Վազգեն Առաջին Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի սպասումն էր, թե դպրանոցի շրջանավարտները ե՞րբ կհամալրեն հայ հոգևորականության շարքերը։ Վեհափառի հոգատարության մասին են վկայում նրա հաճախակի այցելությունները դպրանոց:
Ցավոք, Վազգեն Վեհափառը չտեսավ դպրանոցի անդրանիկ շրջանավարտներին։ Նա իր մահկանացուն կնքեց 1994թ. օգոստոսի 18-ին:
1994թ. սեպտեմբերի 2-ին՝ չորրորդ ուսումնական տարվա բացման արարողության ժամանակ, ի պատիվ իր հոգևոր հոր՝ Վազգեն Վեհափառի, Գարեգին Սրբազանը դպրանոցն անվանեց Վազգենյան։ Հետագայում նա հայրապետական իր կոնդակում պիտի գրեր.
«Հայաստանի նոր անկախութեան հետ ծնունդ առավ Վազգենեան դպանոցը, մեր ժողովրդի համար դժուարին, բայց յոյսով ու լաւատեսութեամբ, ազգային մեր իղձերի իրականացման խանդավառութեամբ լեցուն օրերին, երբ շրջափակման օղակն իր բոլոր ծանր հետեւանքներով աւելի ու աւելի սեղմւում էր Հայաստանի շուրջ, սակայն չէր կարող ու չկարողացաւ խեղդել հայրենի մեր եզերքներում թեւածող ազատութեան բաղձանքը, լռեցնել արդարութեան ձայնը եւ մեր նախնեաց կանչը:
Արդարեւ «սերմանի տկարութեամբ եւ յառնէ զօրութեամբ»: Այսօր հասակ է առել դպրանոցը, առնականացել ու հաստատուել իր սուրբ կոչման մէջ Աւետարանի կենաց խօսքով ու հայրենեաց սրբազան ժառանգութեամբ կրթելու, ազատութեան շնչով հասունացնելու եւ Հայ Եկեղեցու անդաստանում անսակարկ ծառայութեան առաջնորդելու հոգեւորականաց հաւտաւոր ու նուիրեալ, գիտակ ու կարող սերունդներ...
Թող Տէրը անշէջ պահի յիշատակը Վազգէն Ա Կաթողիկոսի եւ իր շնորհի ու խնամքի ներքոյ՝ անսասան, շէն ու բարգաւաճ Վազգէնեան հոգեւոր դպրանոցը, որպէսզի Սեւանի երկնամերձ ափերից իմանալի լոյսը առատաբուխ ու անընդմէջ սփռուի հայ կեանքից ներս:
«Արդ, աղաչեցէք զՏԷր հնձոց, զի հանցէ մշակս ի հունձս իւր» (Մատթ. 9.38):
Մեր աղօթքն է, որ Բարին Աստուած պահպանի հաւատքի մեր տունը՝ Առաքելական մեր Սուրբ եկեղեցին, սիրեցեալ մեր ժողովրդին եւ անկախ Հայրենիքը մեր:
Շնորք, սէր եւ խաղաղաթիւն Տեառն մերոյ Յիսուսի Քրիստոսի եղիցին ընդ մեզ եւ ամենեսեան. ամէն»:
Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Ա-ի հայրապետության շրջանում (1995-1999 թթ.) շարունակվում է դպրանոցի կազմավորումն ու զարգացումը։ Դպրանոցը վայելում էր Վեհափառի ուշադրությունն ու բարեհաճությունը։ Այդ են վկայում նրա հայրապետական այցելությունները դպրանոց, թերակղզի։
1996թ. հոկտեմբեր ամսից սկսվեցին կացարանային նոր մասնաշենքի և Սուրբ Հակոբ Մծբնեցի մատուռի հիմնադրման աշխատանքները:
Նույն թվականին էլ Վազգենյան հոգևոր դպրանոցի տեսչի և Սևանի վանքի վանահոր պարտականությունները ստանձնեց Տ. Մինաս քահանա Մարտիրոսյանը։ Այս շրջանում Սևան քաղաքում և մոտակա գյուղերում կազմակերպվեցին կրոնական խմբակներ և կիրակնօրյա դպրոցներ։ Ուսանողները սկսեցին հաճախել Սևան քաղաքի մի շարք դպրոցներ և հանդես գալ քարոզխոսությամբ։ Կանոնավորվեց ամենօրյա ծիսակարգը:
1996 թ. մայիսի 16-ին՝ Համբարձման տոնի օրը, Սուրբ Առաքելոց եկեղեցում Գարեգին Ա Սարգսյան Կաթողիկոսի օրհնությամբ և Տ. Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանի ձեռամբ՝ տեղի ունեցավ առաջին սարկավագական ձեռնադրությունը: Սկսած 1906 թ.-ից՝ 90 տարվա ընթացքում Սուրբ Առաքելոց եկեղեցում ձեռնադրություն չէր կատարվել։ 1996 թ. դպրանոցն իր առաջին շրջանավարտները տվեց, որոնց մեծ մասը ներկայումս իրենց հոգևոր ծառայությունն են բերում Հայ Եկեղեցում:
Տ. Բագրատ աբեղա Գալստանյանի (այժմ՝ եպիսկոպոս) տեսչության տարիներին (2000-2003 թթ.) դպրանոցում ընդլայնվեց քառաձայն երգչախմբի գործունեությունը։ Հաստատվեց դպրանոցի օրհներգը, դպրանոցի «Գրիգոր Լուսավորիչ» երգչախումբը կատարեց մի շարք ձայնագրություններ։ 2001 թ. մայիսի 5-ին Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի կարգադրությամբ Այրիվանքում (Գեղարդավանք) ձայնագրվեց Հայ Եկեղեցու շարականների ու մեղեդիների ձայնասկավառակ։ 2002 թ. «Գեղարդ» ձայնասկավառակը Կանադայում արժանացավ միջազգային բարձր պարգևի։ Դպրանոցի երգչախումբը Մայր Աթոռ Սուրբ էջմիածնում ձայնագրեց նաև Կոմիտասյան քառաձայն Պատարագը:
Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի գահակալության շրջանում շարունակվեց դպրանոցի վերազարթոնքը: Վեհափառ Հայրապետը, ունենալով մեծ ավանդ դպրանոցի ստեղծման և կայացման գործում, դպրանոցի կրթական կյանքին նոր շունչ և ոգի հաղորդեց: Սա է վկայում 2002 թ. սեպտեմբերի 14-ին տեղի ունեցած կացարանային նոր մասնաշենքի բացման հանդիսավոր արարողութունը, որին ներկա էին նվիրատուներ տեր և տիկին Գառնիկ և Անահիտ Յակուբյանները, բարերարներ, հոգևորականներ և աշխարհիկ բարձրաստիճան հյուրեր:
Տ. Բագրատ աբեղա Գալստանյանի տեսչության շրջանում դպրեվանքի սաները վերջնականապես ամփոփեցին և հրատարակեցին դեռևս Սասուն սարկավագ Վարդանյանի և Տ. Առաքել աբեղա Քարամյանի ժամանակ սկզբնավորված «Սուրբ Առաքելոց» տարեգիրքը:
2003 թ. Վեհափառ Հայրապետի բարձր տնօրինությամբ դպրանոցի տեսչի պաշտոնը ստանձնեց Տ. Գարեգին աբեղա Հարությունյանը (2003-2004 թթ.):
2003–2004 թթ. ուսումնական տարվանից սկսած՝ Վազգենյան հոգևոր դպրանոցում ուսումը դարձավ քառամյա, որից հետո ուսանողները մագիստրոսական երկամյա կրթությունը շարունակում են Գևորգյան հոգևոր ճեմարանում:
2004 թ. հոկտեմբերի 1-ին, Ն.Ս.Օ.Տ.Տ. Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի բարձր տնօրինությամբ, Սևանի Վազգենյան դպրանոցի տեսուչ նշանակվեց Տ. Մկրտիչ աբեղա Պռոշյանը (այժմ՝ եպիսկոպոս), ով դպրանոցի 3-րդ սերնդի շրջանավարտներից էր:
2004 թ. հոկտեմբերի 15-ին ուսանողները հաստատվեցին նոր ննջարանային մասնաշենքում, որտեղ իրենց ուսումը շարունակեցին նաև Շիրակի հոգևոր ընծայարանի ուսանողները:
2004 թ. նոյեմբերից՝ «Շողակաթ» հեռուստաընկերության տնօրինության և դպրանոցի տեսչության համատեղ ջանքերով բացվեց «Դեպի լույս և կյանք» հաղորդաշարը:
2005 թ. լույս տեսավ «Սուրբ Առաքելոց» տարեգրքի Բ, իսկ 2007 թ.՝ Գ և Դ հատորները, որոնց մեջ ամփոփված էին ուսանողների հոդվածներն ու ստեղծագործությունները:
Դպրանոցը վերածվել էր գիտական, գրական ու թարգմանական կենտրոնի։ Դրա լավագույն արտահայտությունն են ռուս նշանավոր փիլիսոփա Ն. Լոսսկու, Թեոփան Մենակյացի, Ինոկենտի եպիսկոպոսի և այլոց արժեքավոր գործերի թարգմանություներն ու հրատարակումը։ Դպրանոցի սաներն այցելում էին մանկատներ և ծերանոցներ, այնտեղ ծավալած լայն քարոզչական գործունեություն։
2005 թ. տարեվերջին՝ Սուրբ Ստեփանոս Նախավկայի տոնին, ձեռամբ Կոտայքի թեմի առաջնորդ Տ. Առաքել եպիսկոպոս Քարամյանի, օծվեց դպրանոցի բակում գտնվող Սուրբ Հակոբ Մծբնեցի մատուռը:
Տ. Հարություն աբեղա Կիրակոսյանի (2012-2017 թթ.) տեսչության տարիներին դպրանոցի սաները պարբերաբար մասնակցում էին գիտաժողովների, ճեմարան էին հրավիրվում դասախոսներ, ճանաչված մասնագետներ (այդ թվում` արտերկրից), հյուրեր, մտավորականներ, արվեստի գործիչներ, բարձրաստիճան հոգևորականներ: Դպրանոցը համագործակցում էր Գավառի պետական համալսարանի հետ. կազմակերպվում էին հանդիպումներ, համատեղ միջոցառումներ: Եկեղեցական տոների առիթով Սևանի երիտասարդների և Լճաշենի զորամասի հետ կազմակերպվում էին միջոցառումներ:
Ազատ ժամերին ուսանողներին կարելի էր տեսնել դպրանոցի հարուստ գրադարանում, որը համալրված էր շուրջ 20.000 հայերեն, անգլերեն, ռուսերեն և ֆրանսերեն գրքերով: Ընթերցանության հետ միասին սաները կատարում էին թարգմանություններ, պատրաստում հոդվածներ:
Այստեղ տեղին է որոշ փոփոխությամբ մեջբերել Սևանի մենաստանի պատմության հեղինակ Տ. Մանվել վարդապետ Կյումուշխանեցու խոսքը, «վանքն օրըստօրե բարեկարգությամբ պայծառանում է»:
Վազգենյան հոգևոր դպրանոցն իր հարկից ներս այսօր էլ շարունակում է իրականացնել հոգևոր առաքելությունը` կրթելով բազմակողմանի զարգացած, հավատքով, խոնարհ, ազգասեր և աստվածասեր շրջանավարտներ` Հայ Եկեղեցուն պարգևելով ուսյալ և բանիմաց հոգևորականներ, որոնք շարունակում են իրենց ծառայությունը Հայաստնում և Հայ Եկեղեցու աշխարհասփյուռ թեմերում:
Այս տարիներին դպրանոցի հոգևոր տեսուչներ են եղել`
Տ. Խորեն աբեղա Մարտիրոսյան (1990-1991 թթ.),
Սասուն սարկավագ Վարդանյան (1991-1993 թթ.),
Տ. Առաքել եպիսկոպոս Քարամյան (1993-1994 թթ.),
Տ. Մինաս քահանա Մարտիրոսյան (1996-2000 թթ.),
Տ. Բագրատ եպիսկոպոս Գալստանյան (2000-2003 թթ.),
Տ. Գարեգին աբեղա Հարությունյան (2003-2004 թթ.),
Տ. Մկրտիչ եպիսկոպոս Պռոշյան (2004-2008 թթ.),
Տ. Գևորգ եպիսկոպոս Սարոյան (2008-2010 թթ.),
Տ. Շնորհք աբեղա Սարգսյան (2010-2012 թթ.),
Տ. Հարություն աբեղա Կիրակոսյան (2012-2017 թթ.),
Տ. Նշան վարդապետ Հմայակյան (2017-2020 թթ.)
Տ. Երեմիա վարդապետ Աբգարյան 2020թ.
Տ. Շահե ծայրագույն վարդապետ Անանյան 2021 թ․-ից։